Geneza systemów ERP sięga późnych lat 50-tych XX w. Początkowo nosiły one nazwę Inventory Control (IC), a ich zadaniem było wyłącznie zarządzanie stanem magazynowym (zapasami). Początek lat 60-tych przyniósł istotny przełom w konstrukcji systemów służących wspomaganiu zarządzania, czego konsekwencją było wprowadzenie systemów MRP (Material Requirements Planning). Mimo, iż powstałe systemy połączyły kilka powiązanych ze sobą funkcji przedsiębiorstw, nadal pokrywały tylko niewielki obszar działalności całości przedsiębiorstwa.

Powstające aplikacje biznesowe charakteryzowały się m.in. odseparowaniem od innych, co wynikało z tego, że określone stanowiska dzięki wykorzystywanej aplikacji mogły zajmować się wyłącznie jedną dziedziną, taką jak np. księgowość czy planowanie zapotrzebowania materiałowego w magazynie, a generowane w czasie pracy dane nie były dostępne na pozostałych stanowiskach. Wzbogacenie podstawowego systemu MRP  doprowadziły do powstania systemu MRP z zamkniętą pętlą (closed loop MRP). Ta nowa generacja systemu opierała się na modelu produkcji, który uwzględniał wpływ informacji zwrotnych, określających stan procesu produkcyjnego w różnych fazach jego zaawansowania, na różne parametry opisujące całość produkcji.

Następcą closed-loop MRP był MRP II (Manufacturing Resource Planning), system rozbudowany o elementy związane z procesem sprzedaży i wspierające podejmowanie decyzji na szczeblach strategicznego zarządzania produkcją. W modelu MRP II bierze się pod uwagę wszystkie sfery zarządzania przedsiębiorstwem: od przygotowania produkcji, poprzez je planowanie i kontrolę, aż po sprzedaż i dystrybucję wyprodukowanych dóbr. Lata 90-te wprowadziły kolejne zmiany, dzięki czemu powstał nowy standard -  ERP. Nowy model zarządzania umożliwia szybkie planowanie i korekcję działalności gospodarczej przedsiębiorstw. System został wzbogacony o księgowość, finanse i rachunkowość zarządczą.

XXI wiek doprowadził do powstania nowego modelu zarządzania przedsiębiorstwem, wychodzącego poza obszar formalny organizacji co wymusiło ewolucję systemów ERP. W odpowiedzi na nowe potrzeby pojawił się termin ERP II.  Systemy ERP II charakteryzują się orientacją na integrację zewnętrzną i poszukiwanie rozwiązań problemów wspólnie z partnerami biznesowymi. Nowa koncepcja została rozszerzona przede wszystkim o inteligentne wspomaganie obsługi klienta oraz wspomaganie związków pomiędzy partnerami biznesowymi w tym łańcuchu.